Отдел аспирантуры Худжандского государственного университета имени академика Бободжона Гафурова был открыт на основании решения Совета образования и науки Республики Таджикистан за№ 2-12 в 1993 году. Отдел аспирантурыфункционирует с августа 1993 года и в настоящее время готовит научные кадры и высококвалифицированных специалистов. Заведующими отдела были с начала до 2011 года. Г.М. Каримова, Ф.Ганиев, Ф.Очилова и М.Т.Каримова. С апреля 2011 года заведующим являетсякандидат филологических наук, доцент Г.С. Махкамова.

Аспирантура университета готовит специалистов в области математики, физики, химии, истории, географии, филологии, педагогики и экономики. В связи ссовершенствованием учебной программы и с учетом требований кафедр васпирантуре были введены новые специальности. В настоящее время в аспирантуреготовят по 26 специальностям молодые научные кадры с ученой степенью. Научными руководителями научных работ аспирантов являются профессора и доктора наук. Более 50 докторов науки кандидатов наук являются научными руководителями аспирантов и соискателей ученых степеней. Отдел аспирантуры с целью привлечения способных и одарённых кадров решает исследовательско-практическиезадачи. Аспиранты, которые выполняют индивидуальные планы в срок и достигают значительныхуспехов, получают стипендии Президента Республики Таджикистана и Председателя Согдийской области.

В соответствии с приказом Министерства образования и науки Республики Таджикистан от 13 июня 2008 года, была открыта докторантура по семиспециальностям 01.01.01 - Математический анализ, 01.04.01 Экспериментальная физика, 01.04.07 Физика твердых материалов, 10.01.03 - Литература зарубежных стран (Таджикская литература), 10.02.22 - Языки иностранных государств Европы, Азии, Африки и народов Соединенных Штатов Америки и Австралии (таджикский язык),07.00.02-История Отечества, 13.00.02 –Теория и методика преподавания и воспитания (по специальностям).

В Худжандском государственном университете имени академика Бободжона Гафурова в соответствии с приказомминистра образования и науки Республики Таджикистан от 27.04.2015 г. За № 1015 была открыта докторантура по специальности. В докторантуре университета принимаются по 20 специальностей граждане с академической степенью «магистр». Докторантура по специальности служит для подготовки высококвалифицированных научных, научно-педагогических кадров с научной степенью «доктор философских наук (PhD)», «доктор по специальности».

Аспирантура и докторантура позволяют осуществлять непрерывное образование, повышать научную, образовательную и научную квалификацию граждан и получить ученую степень кандидата или доктора наук.